Segunda vuelta a la NBA y retiro final

En una rueda de prensa el 10 de septiembre de 2001, insinuó su reaparición, pero negó los rumores que habían estado arremolinándose alrededor suyo el mes pasado. El 25 de septiembre, anunció su segunda vuelta a la NBA, además de afirmar que donaría su sueldo a las víctimas del atentado del 11 de septiembre. Aunque físicamente no era el mismo de antaño y pese a las lesiones que lo limitaron continuamente durante la temporada, los promedios de Jordan no fueron nada malos: 22,9 puntos por partido, 5,2 rebotes y 1,42 robos de balón, liderando a los jóvenes Wizards a un paso de disputar la postemporada a pesar del flojo equipo con el que contaban. Además, los 41 partidos disputados de Jordan en el MCI Center fueron un lleno absoluto, así en cada pabellón durante los dos años que vistió la camiseta de los Wizards. También ayudó a una formidable racha de nueve partidos consecutivos ganados desde el 6 de diciembre al 26 del mismo mes, y durante un breve tiempo se habló de él como candidato al MVP. El 29 de diciembre anotó 51 puntos en la victoria ante Charlotte Hornetsen casa. Debido a las lesiones, sólo pudo jugar 60 de los 82 encuentros de la temporada regular. Tras jugar su 14º All-Star Game, superó a Kareem Abdul-Jabbar en la tabla de anotadores en la historia del All-Star. La temporada 2002-03 fue anunciada desde el principio como la última y definitiva, esta vez sí, de Michael Jordan, y no decepcionó. Esa campaña fue el único jugador de Washington en disputar todos los encuentros de la temporada regular, siendo titular en 67 de ellos. Promedió 20,0 puntos, 6,1 rebotes, 3,8 asistencias y 1,5 robos por partido. A la edad de 40 años, anotó 20 o más puntos en 42 ocasiones, 30 o más en nueve. y 40 o más en tres.El 21 de febrero de 2003, Jordan se convirtió en el primer jugador de la NBA en anotar 40 o más puntos con 40 años, en la victoria de los Wizards ante los Nets en el MCI Center con 43 puntos de MJ. Los números de asistencia del público descendieron un poco ese año, aunque aun así los Wizards estaban en un 20.173 de promedio en el MCI, y 19.311 fuera de casa. El único "pero" es la ausencia de partidos de playoffs en esos dos años.Reconociendo que sería el último año de Jordan como jugador de la NBA, los tributos fueron presentados en casi todos los pabellones de la liga. En su último partido en Chicago, el público del United Center le dio una ovación tan grande que el propio Jordan tuvo que interrumpirla, dando un discurso improvisado, aunque no calmando a la afición. Una muestra de respeto fue el retiro por parte de Miami Heat del dorsal 23 el 11 de abril del 2003 en honor a él, a pesar de no haber jugado jamás un partido con la camiseta de los de Florida. En su partido final en el MCI Center, recibió un tributo del Secretario de Defensa Donald Rumsfeld, que le obsequió la bandera izada en el Pentágono el 11 de septiembre de 2002, un año después de los trágicos atentados. En el All-Star Game de 2003, Vince Carter le cedió su plaza en el quinteto titular y la ceremonia del descanso fue dedicada a Jordan, completada con una actuación musical de Mariah Carey en tributo suyo.Filadelfia fue el escenario de su último encuentro como jugador de la NBA, el 16 de abril de 2003 ante los 76ers. Jugando pocos minutos debido a la gran ventaja de los locales en el marcador, Jordan anotó 16 puntos. En los minutos finales del partido, Jordan entró de nuevo en juego, después de que el público de Filadelfia cantara "queremos a Michael". A falta de 1:44 para el final, Jordan anotó sus dos últimos tiros libres y se sentó tras una increíble ovación de más de tres minutos de duración.Jordan se retiró anotando 32.292 puntos en toda su carrera, solo superado por Kareem Abdul-Jabbar y Karl Malone en toda la historia de la NBA.